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扩增子分析QIIME2-三数据导出Exporting data

www.MyException.Cn  网友分享于:2018-06-01  浏览:0次
扩增子分析QIIME2-3数据导出Exporting data
# 激活工作环境
source activate qiime2-2017.8

# 建立工作目录
mkdir -p qiime2-exporting-tutorial
cd qiime2-exporting-tutorial
导出Feature/OTU表
wget -O feature-table.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/feature-table.qza
qiime tools export \
  feature-table.qza \
  --output-dir exported-feature-table

# 查看结果文件信息
ls -l exported-feature-table/feature-table.biom
导出的biom文件位于exported-feature-table文件夹中,名为feature-table.biom,可用biom程序对文件进行格式转换和分析
导出进化树
wget -O unrooted-tree.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/unrooted-tree.qza
qiime tools export \
  unrooted-tree.qza \
  --output-dir exported-tree
less exported-tree/tree.nwk
导出文件为exported-tree/tree.nwk,是标准树nwk文件
导出与提取
提取包括所有的信息文件,如下例中的feature表文件,结果即包括feature表,又包括生成此文件的相关软件版本信息,还有生成此文件所有步骤的文件说明。
mkdir extracted-feature-table
qiime tools extract \
  feature-table.qza \
  --output-dir extracted-feature-table

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